Das Katharineum ist eines von Lübecks größten Gymnasien. Eine Schülergruppe hatte 2017 das Vorgängerprojekt SchoolApps begonnen, das 2020 mit einem anderen Projekt zu AlekSIS zusammengeführt wurde.

Das Katharineum setzt fast ausschließlich auf freie Open-Source-Software und unterstützt die AlekSIS-Entwicklung mit wichtigem Feedback sowie als Gastgeber bei Entwicklungs-Sprints.

Die Freie Schule Schöneberg (FSS) in Berlin, planmäßig mit den Stufen 1 bis 10, ist seit 2023 Pilotschule. Neben dem inhaltlichen Fokus der Zusammenarbeit auf die gemeinsame Entwicklung der Stunden- und Vertretungsplanungs-Features ist besonders interessant, dass die FSS im Vergleich zu Regelschulen einen gänzlich anderen Ansatz bzgl. der Struktur der Schule an sich und des Schultages verfolgt und auch pädagogisch neue Wege verfolgt. Die sich daraus ergebenden Anforderungen werden in der Entwicklung berücksichtigt und tragen dazu bei, dass AlekSIS hohen Ansprüchen an Flexibilität und Anpassbarkeit genügt.

Die Herman-Nohl-Schule, eine zweisprachig italienisch-deutsche Grundschule in Berlin-Neukölln, ist seit 2023 AlekSIS-Pilotschule. Ein besonderer Fokus in der Zusammenarbeit liegt auf der Weiterentwicklung des Klassenbuchs und der Stundenplanung, da in diesem Bereich keine adäquaten freien Lösungen zur Verfügung stehen.